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环境分析是离子色谱最重要的应用领域之一，可分为水、土壤和空气分析。离子色谱法在环境分析化学中的应用主要集中于水中各种阴离子和阳离子的定性和定量分析。离子色谱法也可用于分析天然卤水中的离子，包括海水、地下卤水、地热卤水和高盐度地下水。

 

由于氰化物的工业应用规模大、毒性强，各种环境样品中氰化物的测定非常重要。在迄今为止开发的所有氰化物和硫化物的分析方法中，必要的第一步是去除干扰物。离子色谱法可同时测定氰化物和硫化物。聚磷酸盐具有螯合和分散性能，广泛应用于工业水处理。螯合剂如氮三乙酸（NTA）和乙二胺四乙酸（EDTA）也可以用与聚膦酸盐相同的方法快速测定。除了常见的无机阴离子和阳离子，

 

六价铬是一种有毒的铬，必须在制造废物中加以监测。柱后加入二苯碳酰二肼的离子色谱法是测定六价铬最特异、灵敏的方法之一。通过消毒过程进行水处理被认为是20世纪公共卫生领域的一项重大成就。因此，水污染物的鉴定方法已由微生物法转向化学法。

 

饮用水中化学物质的含量呈指数增长；然而，在成百上千的人中，很少有人研究或记录了它们对健康影响的证据。近十年来，臭氧处理饮用水以改善饮用水的味道和气味，去除有机和无机微污染物已越来越受到人们的重视。20世纪80年代初，人们清楚地认识到，臭氧在饮用水处理中的应用不仅会导致含氧化合物的形成，还会导致溴化物的形成；还形成溴化有机化合物和溴酸盐。

 

近年来，溴酸盐已成为无机卤化物氧化物的主要副产品，饮用水中溴酸盐的浓度必须加以控制。此外，感兴趣的课题和高级研究是亚氯酸盐和氯酸盐12。全球和国家机构继续致力于监测饮用水中溴酸盐、亚氯酸盐和氯酸盐的水平，以建立适当的监管限制。溴酸盐问题也涉及瓶装水。对许多人来说，瓶装水已经成为比自来水更健康的选择，因为他们认为瓶装水含有更少的污染物，或者他们不喜欢氯化自来水的味道。